Sonic, Knuckles i Tails es reuneixen per enfrontar-se a un nou i poderós adversari, Shadow, un misteriós malvat els poders del qual no s'assemblen a res del que els nostres herois han conegut fins ara. Amb les seves facultats superades en tots els sentits, l'Equip Sonic haurà d'establir una aliança insòlita amb l'esperança d'aturar Shadow i protegir el planeta.