Michelangelo, Donatello, Leonardo i Raphael tornen aquest estiu als cinemes juntament amb April O'Neil, Vern Fenwick i un nou vigilant emmascarat, Casey Jones, per combatre uns dolents encara més malignes i poderosos. El supermalvat Shredder s’escapa de la presó i uneix les seves forces amb el científic boig Baxter Stockman i els seus dos sequaços, Bebob i Rocksteady, per dur a terme un diabòlic pla per conquerir el món. Mentre les Tortugues es preparen per enfrontar-se a Shredder i la seva banda, hauran de lluitar també amb un nou enemic, fins i tot més poderós, i també amb intencions malignes: El General Krang.
